轉染效率受多種因素影響，主要因素有下面幾個：

1．轉染試劑

     不同細胞系轉染效率通常不同，但細胞系的選擇通常是根據實驗的需要，因此在轉染實驗前應根據實驗要求和細胞特性選擇適合的轉染試劑。每種轉染試劑都會提供一些已經成功轉染的細胞株列表和文獻，通過這些資料可選擇較適合實驗設計的轉染試劑。當然，適合的是高效、低毒的轉染試劑，如Entranster試劑。

2．細胞狀態(tài)

     一般低的細胞代數（<50）能確保基因型不變。適合轉染的細胞是經過幾次傳代后達到指數生長期的細胞，細胞生長旺盛，容易轉染。細胞培養(yǎng)在實驗室中保存數月和數年后會經歷突變，總染色體重組或基因調控變化等而演化。這會導致和轉染相關的細胞行為的變化。也就是說同一種系的細胞株，在各實驗室不同培養(yǎng)條件下，其生物學性狀發(fā)生不同程度的改變，導致其轉染特性也發(fā)生變化。因此，如果發(fā)現轉染效率降低，可以試著轉染新鮮培養(yǎng)的細胞以恢復好結果。

3．轉染方法

     不同轉染試劑有不同的轉染方法，但大多大同小異。轉染時應跟據具體轉染試劑推薦的方法，但也要注意，因不同實驗室培養(yǎng)的細胞性質不同，質粒定量差異，操作手法上的差異等，其轉染效果可能不同，應根據實驗室的具體條件來確定好的轉染條件。

4．載體構建

     轉染載體的構建（病毒載體，質粒DNA，RNA，PCR產物，寡核苷酸等）也影響轉染結果。病毒載體對特定宿主細胞感染效率較高，但不同病毒載體有其特定的宿主，有的還要求特定的細胞周期，如逆轉錄病毒需侵染分裂期的宿主細胞，此外還需考慮一些**問題（如基因污染）。除載體構建外，載體的形態(tài)及大小對轉染效率也有不同的影響，如前面提到的超螺旋及線性DNA對瞬時和穩(wěn)定轉染的影響。如果基因產物對細胞有毒性作用，轉染也很難進行，因此選擇組成或可調控，強度合適的啟動子也很重要，同時做空載體及其它基因的相同載體構建的轉染正對照可排除毒性影響的干擾。

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