感染性動物模型畢竟是利用動物，通過人工方式感染，進行模擬研究，尤其是人源性病原體感染動物，往往不會得到和人相同的病程，這也是感染性動物模型的局限性，在實驗動物模型得到的研究結果經過慎重的對比才能外推到人類。感染性動物模型的局限性包括以下幾個方面：

1、動物的種類和等級的限制等因素影響動物模型

不同動物遺傳和生物學特性不同，對病原的感染性會有不同表現，不同種屬、品種、品系的動物其個體差異也會影響模型的一致性。如：禽流感病毒H5N1，可感染小鼠、大鼠、獼猴、食蟹猴、雪貂等不同動物，但其致病性在不同動物有所差異，國外一般推薦使用雪貂作為模型，認為**過程和患者類似。動物的微生物和寄生蟲攜帶情況，即微生物學等級，也影響模擬制備，一般推薦無特殊病原體(SPF)動物用于模型制備，影響因素較小。

2、病原的生物學特性、活化程度、來源、培養(yǎng)、量化等影響模型的制備

標準病原株、地方株等生物學特性，病原的培養(yǎng)條件，活性，其他微生物污染干擾等也影響模型制備，病原在動物體內，受到**等阻力，也會相應通過變異等方式改變生物學特性，從而造成和從人類體內分離的病原的差異。

3、方法學不同或實驗室不具備的方法條件會影響模型的指標確定

很多病原存在不同途徑感染問題，選擇的感染途徑可能不是理想途徑，有些病原需要定量檢測、病理活檢等實驗室條件達不到要求，從而影響模型的完整性。生物**要求的實驗室條件下，和普通實驗室條件下的動物模型也會出現不同，如艾滋病靈長類模型動物（SIV / SAIDS）在生物**三級實驗室不會出現像普通環(huán)境下的后期嚴重復合感染情況。

4、動物和人體存在差異，可能使得病原在不同機體表現不同

人類在遺傳背景、生理基礎、生活環(huán)境等方面和動物都有的區(qū)別，選擇在進化樹和人類接近的動物，可能更能表現出**的類似性，即機體的反應性。但這不是優(yōu)良的，病原和不同動物長期相伴，形成了復雜的相互關系，具備了穩(wěn)固抵抗模式，需要根據不同的病原作深入的比較，才能制備理想的模型。

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