Northern雜交與Southern雜交很相似。主要區(qū)別是被檢測對象為RNA,其電泳在變性條件下進行,以去除RNA中的二級結(jié)構(gòu),保證RNA完全按分子大小分離。變性電泳主要有3種:乙二醛變性電泳、甲醛變性電泳和羥甲基汞變性電泳。電泳后的瓊脂糖凝膠用與Southern轉(zhuǎn)移相同的方法將RNA轉(zhuǎn)移到硝酸纖維素濾膜上,然后與探針雜交?! ?br />1、材料:待檢測的RNA及制備好的探針?! ?br />2、設(shè)備:電泳儀,電泳槽,塑料盆,真空烤箱,放射自顯影盒,X-光片,雜交袋,硝酸纖維素膜或尼龍膜。
3、試劑: (1)20×SSPE:175.3g NaCl, 88.2g檸檬酸鈉,溶于800ml水中,用10mol/LNaOH調(diào)pH至7.4,定溶到1L。 (2)其他試劑:與Southern雜交試劑類似,只是所有的試劑均應(yīng)用DEPC處理。
4、操作步驟:
(1)RNA經(jīng)變性電泳完畢后,可立即將乙醛酰RNA轉(zhuǎn)移至硝酸纖維素濾膜上。轉(zhuǎn)移方法與轉(zhuǎn)移DNA的方法相似。
(2)轉(zhuǎn)移完畢后 ,以6×SSC溶液于室溫浸泡此膜5分鐘,以除去瓊脂糖碎片。
(3)將該雜交膜夾于兩張濾紙中間,用真空烤箱于80℃干燥0.5-2小時。
(4) 用下列兩種溶液之一進行預(yù)雜交,時間為1-2小時。若于42℃進行,應(yīng)采用: 50%甲酰胺,5×SSPE,2×Denhardts試劑,0.1% SDS;若于68℃進行,應(yīng)采用:6×SSC,2×Denhardts試劑,0.1% SDS,(注意:BLOTTO不能用于Northern雜交)。
(5) 在預(yù)雜交液中加入變性的放射性標(biāo)記探針,如欲檢測低豐度mRNA,所用探針的量至少為0.1μg,其放射性比活度應(yīng)大于2×108 cpm/分·μg,放在適宜的溫度條件下雜交16-24小時。
(6) 用1×SSC、0.1% SDS于室溫洗膜20分鐘,隨后用0.2×SSC、0.1% SDS于68℃洗膜3次,每次20分鐘。
(7) 用X光片(Kodak XAR-2或與之相當(dāng)?shù)漠a(chǎn)品)進行放射自顯影,附加增感屏于-70℃曝光24-48小時。
[注意] (1)如果瓊脂糖濃度高于1%,或凝膠厚度大于0.5cm,或待分析的RNA大于2.5kb,需用0.05mol/LNaOH浸泡凝膠20分鐘,部分水解。
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