毛細(xì)管柱的分辨率與柱長的平方根成正比。在其他條件不變的情況下,為取得加倍的分辨率需有4倍的柱長。較短的柱子適于較簡單的樣品,尤其是由那些在結(jié)構(gòu)、極性和揮發(fā)性上相差較大的組分組成的樣品。
一般來說，15m的短柱用于快速分離較簡單的樣品，也適于掃描分析；30m的色譜柱是常用的柱長，大多數(shù)分析在此長度的柱子上完成；50m、60m或更長的色譜柱用于分離比較復(fù)雜的樣品。應(yīng)該注意，柱長增加分析時間也增加。 柱內(nèi)徑的選擇 柱徑直接影響柱子的效率、保留特性和樣品容量。
小口徑柱比大口徑柱有更高柱效，但柱容量更小。0.25mm：具有較高的柱效，柱容量較低。分離復(fù)雜樣品較好。0.32mm：柱效稍低于0.25mm的色譜柱，但柱容量約高60%。 0.53mm：具有類似于填充柱的柱容量，可用于分流進樣，也可用于不分流進樣，當(dāng)柱容量是主要考慮因素時（如痕量分析），選擇大口徑毛細(xì)管柱較為合適。
液膜厚度的選擇 液膜厚度影響柱子的保留特性和柱容量。厚度增加，保留也增加。 0.1-0.2mm：薄液膜厚度的毛細(xì)管柱比厚液膜的毛細(xì)管柱洗脫組分快，所需柱溫度低，且高溫下柱流失較小，適用高沸點的化合物的分析。 0.25-0.5mm：常用的液膜厚度。 厚液膜：對分析低沸點的化合物較為有利。
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