在顯微成像系統(tǒng)中，圖像分析軟件是比較重要的部分。根據(jù)不同的觀測(cè)對(duì)象、不同的用途，顯微圖像分析軟件可以分為如下幾款：
金像分析軟件——是為從事金相檢驗(yàn)的單位或個(gè)人專項(xiàng)開發(fā)的一款計(jì)算機(jī)軟件。應(yīng)用金相分析檢驗(yàn)系統(tǒng)，用戶可以迅速，準(zhǔn)確地完成金相圖像采集，圖像處理，圖像數(shù)據(jù)獲取，評(píng)定級(jí)別以及資料的保存，打印等工作。圖像處理功能包括：亮度調(diào)整、調(diào)整對(duì)比度、顏色調(diào)整、銳化、柔化、過緣增強(qiáng)、邊緣檢測(cè)、中值濾波、去噪二值化處理、去除雜點(diǎn)、斷線處理、膨脹、細(xì)化等。幾何測(cè)量：了直線、矩形、圓、多邊形、角度等多種測(cè)量工具及測(cè)量方法，可完成長(zhǎng)度、面積、角度等測(cè)量工作。
體視顯微圖像分析軟件——主要功能有，測(cè)量和批注：標(biāo)尺、橢圓、量角器、三點(diǎn)圓形、圓中心矩、點(diǎn)線之間的距離；擴(kuò)展聚焦：擴(kuò)展對(duì)焦功能可以結(jié)合不同焦點(diǎn)的圖像集中到一個(gè)單一的焦點(diǎn)圖像。如果圖像在光學(xué)軸上有不同的角度，因?yàn)樗遣捎玫捏w視顯微鏡，所以軟件可以自動(dòng)補(bǔ)償這個(gè)角度；擴(kuò)展曝光：擴(kuò)展曝光結(jié)合多重圖像，每個(gè)在不同曝光時(shí)間被捕獲和只有一部分直接曝光的圖像。當(dāng)檢測(cè)的物體有反射，非常暗或非常明亮區(qū)域結(jié)合，這個(gè)擴(kuò)展曝光功能，可以自動(dòng)連接擴(kuò)展聚焦功能。
數(shù)字顯微圖像分析軟件——適用于顯微細(xì)胞圖像分析、植物微結(jié)構(gòu)分析等應(yīng)用領(lǐng)域。主要功能有，目標(biāo)分析測(cè)量：可分析測(cè)量顆粒直徑、長(zhǎng)度、面積、角度、任意纖維的形狀等，細(xì)胞形狀分析：按顏色和結(jié)構(gòu)分析細(xì)胞或組織的面積、長(zhǎng)度、寬度、植物初生-次生壁厚等，自動(dòng)顆粒統(tǒng)計(jì)：自動(dòng)顆粒計(jì)數(shù)，輸出每個(gè)顆粒的等效直徑、面積、周長(zhǎng)、圓度等形態(tài)參數(shù)。
病理圖文分析軟件——該軟件功能有：全過程在大屏幕高分辨率顯示器下觀察，替代傳統(tǒng)觀察模式。查詢條件，統(tǒng)計(jì)靈活齊全，圖像壓縮，病歷信息可大量長(zhǎng)期保存。診斷報(bào)告支持多種模式，尊重醫(yī)生工作習(xí)慣，可點(diǎn)擊錄入、選擇錄入、填空錄入、文字錄入?？蓪?duì)病理圖像分析，包括：細(xì)胞計(jì)數(shù)，**組化，腺體測(cè)量，細(xì)胞測(cè)量，AgNOR分析等。
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