1.從引物自身著手，重新設計引物，這是根本解決這一問題的辦法。
2.可能模板有問題，模板濃度過小，適當加大模板量。
3.Taq酶，引物，Mg2+濃度可能過高，可降低它們的濃度。
4.將上下引物混合后，在100℃的沸水中煮5分鐘，然后迅速拿出至于冰塊之上瞬時冷卻，這時再加入反應體系當中，引物二聚體就會消失的。理由：引物可能會發(fā)**夾結(jié)構(gòu)，自身環(huán)化等結(jié)構(gòu)，在100℃的沸水中煮5分鐘可使引物變?yōu)閱捂?，以減少二聚體。不過有人認為在PCR儀上95度變性5min也同樣達到目的，而且成功試過通過延長退火時間也可以消除引物二聚體。
5.所配MIX中加5%的甘油或者5%的DMSO,可以增強特異性。
6.PCR反應體系的配制在冰上進行，后加Taq酶，PCR結(jié)束后，產(chǎn)物勿放置在室溫下過長時間，有人認為室溫下有些Taq酶會將多余的引物合成為二聚體。
7.增加循環(huán)數(shù)
8.降低退火溫度后有條帶，則應逐漸提高溫度，若提高溫度的同時產(chǎn)物量減少，則考慮增加Mg2+濃度（根據(jù)擴增片斷長度而定，片段長則相應鎂離子濃度應該高一些）。
9.若降低退火溫度，發(fā)現(xiàn)還是只有引物二聚體，而且鎂離子的濃度在20-25mmol/l沒有區(qū)別，則考慮Buffer等試劑沒有完全融解、混勻，導致吸取的試劑濃度不對。
10.以上次的PCR產(chǎn)物作模板二次PCR,可以提高引物與模板的特異性，減少引物二聚體，如果兩次時間間隔短的話，可以把原產(chǎn)物稀釋100-1000倍，如果間隔較長可以稀釋50-100倍。
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