深圳檢驗檢疫局內(nèi)設(shè)辦公室、法制與綜合業(yè)務(wù)處、檢務(wù)處、衛(wèi)生檢疫處、動物檢驗檢疫處、植物檢驗檢疫處、食品檢驗監(jiān)督處、化礦與鑒定業(yè)務(wù)處、輕紡檢驗處、機電檢驗處、產(chǎn)地證簽證處、科技處、認證監(jiān)管處、人事處、財務(wù)處、機關(guān)黨委辦公室政工處、監(jiān)察審計室、離退休干部處、稽查處、基建處等20個處室，下轄皇崗局1個（副廳級）分支局以及蛇口、文錦渡、羅湖、沙頭角、鹽田、寶安、龍崗、機場、筍崗、深圳灣等10個正處級分支局，出口加工區(qū)、駐郵局、福田保稅區(qū)、華南國際物流中心等4個正處級辦事處，以及動植物檢驗檢疫技術(shù)中心、食品檢驗檢疫技術(shù)中心、工業(yè)品檢測技術(shù)中心、玩具檢測技術(shù)中心、國際旅行衛(wèi)生保健中心、深圳檢驗檢疫局信息中心、機關(guān)服務(wù)中心等7個直屬事業(yè)單位，另有大鏟灣檢驗檢疫機構(gòu)正在籌建中。截至2008年7月上旬，全局共有工作人員3000多人，其中正式在編2184人；全局有研究生367人（其中博士研究生32人），大學(xué)本科生1168人，大專生368人，大專以上學(xué)歷共1903人，占正式在編人數(shù)的87.1%；全局共有專業(yè)技術(shù)人員1323人，120人具有**職稱（其中正高9人），611人具有中級職稱，中**專業(yè)技術(shù)人員共731人，占全局專業(yè)技術(shù)人員的55.3%。
深圳出入境檢驗檢疫局（以下簡稱深圳檢驗檢疫局）是直屬國家質(zhì)量監(jiān)督檢驗檢疫總局（以下簡稱國家質(zhì)檢總局）的出入境檢驗檢疫機構(gòu)，正廳級建制。1999年8月，按照國務(wù)院及中編辦有關(guān)口岸管理體制改革的精神，深圳檢驗檢疫局由原深圳衛(wèi)生檢疫局、動植物檢疫局和進出口商品檢驗局合并組建而成。