繼工業(yè)污染治理之后，農(nóng)業(yè)污染治理逐步成為中國環(huán)境治理中的重要議題。特別是近年來，我國農(nóng)業(yè)污染越來越嚴(yán)峻，總體上不容樂觀，污染種類多、分布廣，防治難度大,各種類型污染在不同地區(qū)差異較大。因此，必須堅持把農(nóng)業(yè)資源保護和農(nóng)業(yè)生產(chǎn)發(fā)展統(tǒng)籌起來，同時要把外源污染和內(nèi)源污染的防控結(jié)合起來。還要形成一種合力，就是協(xié)同社會各界，整合各種資源，來進行防控?？傮w來講，是要形成一個涉及到農(nóng)業(yè)面源污染源頭、過程、末端這樣一個全鏈條、全過程、全要素的整體系統(tǒng)的解決方案。具體來講，還是要根據(jù)各種污染類型，采取有針對性的措施： 
1、加強農(nóng)業(yè)標(biāo)準(zhǔn)化生產(chǎn)。加強和規(guī)范農(nóng)業(yè)生產(chǎn)，逐步形成標(biāo)準(zhǔn)化，大力推廣測土配方施肥技術(shù)，增施有機肥，合理使用化肥；大力推廣綠色植保、控害減藥技術(shù)，推廣使用高效、**、低毒農(nóng)藥及生物農(nóng)藥。
2、加強農(nóng)業(yè)污染行政執(zhí)法。環(huán)保及農(nóng)業(yè)行政主管部門要依據(jù)有關(guān)法律法規(guī)，加強農(nóng)業(yè)行政執(zhí)法力度。對造成農(nóng)業(yè)污染嚴(yán)重的企業(yè)要限期整改，使其達(dá)到環(huán)保要求，不按要求整改的要堅決依法關(guān)閉。對那些生產(chǎn)、銷售、使用高毒、高殘留等違禁農(nóng)藥的要依法打擊。加強農(nóng)
產(chǎn)品**檢測，建立市場準(zhǔn)入機制，對有毒物質(zhì)殘留超標(biāo)的農(nóng)產(chǎn)品，一律不得進入市場銷售。加強檢疫，嚴(yán)格控制有害生物和有毒農(nóng)產(chǎn)品的傳播。
3、加強宣傳教育，提高全社會對農(nóng)業(yè)污染治理的認(rèn)識。據(jù)東莞環(huán)保公司相關(guān)人士了解到目前，地方政府和有關(guān)部門對農(nóng)村環(huán)境保護意識比較淡薄，存在重城市、輕農(nóng)村，重工業(yè)、輕農(nóng)業(yè)的現(xiàn)象。同時廣大農(nóng)民不合理使用農(nóng)業(yè)投入品的現(xiàn)象還比較普遍，從而加劇了農(nóng)業(yè)環(huán)境污染和資源破壞。要充分運用
各類媒體以及會議、咨詢、送科技下鄉(xiāng)等方式，廣泛宣傳農(nóng)業(yè)污染的危害性，提高農(nóng)民的環(huán)保意識。開展農(nóng)業(yè)環(huán)保的在職教育和崗位培訓(xùn)，增強縣鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）領(lǐng)導(dǎo)的環(huán)保意識，并將農(nóng)業(yè)環(huán)保納入干部考核指標(biāo)體系。
4、控制畜禽養(yǎng)殖，推廣生態(tài)養(yǎng)殖。大力發(fā)展生態(tài)農(nóng)業(yè)、有機農(nóng)業(yè)，建立綠色食品基地和有機食品基地。鼓勵農(nóng)民進行“一建三改”（建沼氣池，改廚、改灶、改廁），變“三廢”（畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈、生活垃圾和廢水）為“三料”（肥料、飼料、燃料），大力推廣
“畜—沼—田”模式，使畜禽糞便等廢物得到綜合利用，實現(xiàn)畜禽糞便的無害化和資源化。此外，落實以獎促治、以獎代補政策，推進農(nóng)村環(huán)境的綜合整治。