微生物分類
微生物分類 (上海締倫光學(xué)）
形態(tài)特征
（1）個(gè)體形態(tài) 鏡檢細(xì)胞形狀、大小、排列，革蘭氏染色反應(yīng)，運(yùn)動(dòng)性，鞭毛位置、數(shù)目，芽孢有無(wú)、形狀和部位，莢膜，細(xì)胞內(nèi)含物；放線菌和**的菌絲結(jié)構(gòu)，孢子絲、孢子囊或孢子穗的形狀和結(jié)構(gòu)，孢子的形狀、大小、顏色及表面特征等。
培養(yǎng)特征
1）在固體培養(yǎng)基平板上的菌落（colony）和斜面上的菌苔（lawn）性狀（形狀、光澤、透明度、顏色、質(zhì)地等）；
2）在半固體培養(yǎng)基中穿刺接種培養(yǎng)的生長(zhǎng)情況；
3）在液體培養(yǎng)基中混濁程度，液面有無(wú)菌膜、菌環(huán)，管底有無(wú)絮狀沉淀，培養(yǎng)液顏色等。
生理生化特征
（1）能量代謝 利用光能還是化學(xué)能；
（2）對(duì)氧氣的要求 專性好氧、微需氧、兼性厭氧及專性厭氧等；
（2）營(yíng)養(yǎng)和代謝特性 所需碳源、氮源的種類，有無(wú)特殊營(yíng)養(yǎng)需要，存在的酶的種類等。
生態(tài)習(xí)性
生長(zhǎng)溫度，酸堿度，嗜鹽性，致病性，寄生、共生關(guān)系等。
血清學(xué)反應(yīng)
用已知菌種、型或菌株制成抗血清，然后根據(jù)它們與待鑒定微生物是否發(fā)生特異性的血清學(xué)反應(yīng)，來(lái)確定未知菌種、型或菌株。
噬菌反應(yīng)
菌體的寄生有專一性，在有敏感菌的平板上產(chǎn)生噬菌斑，斑的形狀和大小可作為鑒定的依據(jù)；在液體培養(yǎng)中，噬菌體的侵染液由混濁變?yōu)槌吻濉Ｊ删w寄生的專業(yè)性有差別，寄生范圍廣的謂多價(jià)噬菌體，能侵染同一屬的多種**；單價(jià)噬菌體只侵染同一種的**；極端專業(yè)化的噬菌體甚至只對(duì)同一種菌的某一菌株有侵染力，故可尋找適當(dāng)?；氖删w作為鑒定各種**的生物試劑。
細(xì)胞壁成分
革蘭氏陽(yáng)性**的細(xì)胞壁含肽聚糖多，脂類少。革蘭陰性**與之相反。鏈霉菌屬（Streptomyces）的細(xì)胞壁含丙氨酸、谷氨酸、甘氨酸和2，6-氨基庚二酸，而含有阿拉伯糖是諾卡氏菌屬（Nocardia）的特征。霉菌細(xì)胞壁則主要含幾丁質(zhì)。
紅外吸收光譜
利用紅外吸收譜技術(shù)測(cè)定微生物細(xì)胞的化學(xué)成分，了解微生物的化學(xué)性質(zhì)，作為分類依據(jù)之一。
GC含量
生物遺傳的物質(zhì)基礎(chǔ)是核酸，核酸組成上的異同反映生物之間的親緣關(guān)系。就一種生物的DNA來(lái)說(shuō)，它的堿基排列順序是固定的。測(cè)定四種堿基中鳥嘌呤（G）和胞密啶（C）所占的摩爾百分比，就可了解各種微生物DNA分子不同源性程度。親緣關(guān)系接近的微生物，它們的G+G含量相同或近似的兩種微生物，不一定緊密相關(guān)，因?yàn)樗鼈兊?/font>DNA的四個(gè)堿基的排列順序不一定相同。
DNA雜合率
要判斷微生物之間的親緣關(guān)系，須比較它們的DNA的堿基順序，*常用的方法是DNA雜合法。其基本原理是DNA解鏈的可逆性和堿基配對(duì)的專一性。提取DNA并使之解鏈，再使互補(bǔ)的堿基重新配對(duì)結(jié)合成雙鏈。根據(jù)能生成雙鏈的情況，可測(cè)知雜合率。雜合率越高，表示兩個(gè)DNA之間堿基順序的相似越高，它們間的親緣關(guān)系也就越近。
核糖體核糖酸（rRNA ）相關(guān)度
在DNA相關(guān)度低的菌株之間，rRNA同源性能顯示它們的親緣關(guān)系。Rrna-DNA分子雜交試驗(yàn)可測(cè)定Rrna的相關(guān)度，揭示Rrna 的同源性。
rRNA的堿基順序
RNA的堿基順序由DNA轉(zhuǎn)錄來(lái)的，故完全具有相對(duì)應(yīng)的關(guān)系。提取并分離**內(nèi)標(biāo)記的16SrRNA,以核糖核酸消化，可獲得各種寡核苷酸，測(cè)定這些寡核苷酸上的堿基順序，可作為**分類學(xué)的一種標(biāo)記。
核糖體蛋白的組成分析
分離被測(cè)**的30S和50S核糖體蛋白亞單位，比較其中所含核糖體蛋白的種類及其含量，可將被鑒定的菌株分為若干類群，并繪制系統(tǒng)發(fā)生圖。
編輯本段微生物的分類系統(tǒng)這里僅簡(jiǎn)述原核微生物和真核微生物的分綱體系。
原核生物界（Procaryotae）
（1） 光能營(yíng)養(yǎng)原核生物門
Ⅰ 藍(lán)綠光合**綱（藍(lán)**類）
Ⅱ 紅色光合**綱
Ⅲ 綠色光合**綱
（2）化能營(yíng)養(yǎng)原核生物門
Ⅰ **綱
Ⅱ 立克次氏體綱
Ⅲ 柔膜體綱
Ⅳ 古**綱
真核微生物（Eucaryotic microbes）
真核策生物主要包括各類**，還有粘菌等。
**劃分各能分類單位的基本原則是以形態(tài)特征為主，生理生化、細(xì)胞化學(xué)和生態(tài)等特征為輔。絲狀**主要根據(jù)其孢子產(chǎn)生的方法和孢子本身的特征，以及培養(yǎng)特征來(lái)劃分各級(jí)的分類單位。一些病原**的鑒定，寄生和癥狀也可作為參考依據(jù)。**可分以下四綱：
Ⅰ 藻狀菌綱 菌絲體無(wú)分隔，含多個(gè)核。有性繁殖形成卵孢子或接合孢子。
Ⅱ 子囊菌綱 菌絲體有分隔，有性階段形成子囊孢子。
Ⅲ 擔(dān)子菌綱 菌絲體有分隔，有性階段形成擔(dān)孢子。
Ⅳ 半知菌綱 包括一切只發(fā)現(xiàn)無(wú)性世代未發(fā)現(xiàn)有性階段的**。
粘菌也可分為四綱，即
Ⅰ 網(wǎng)粘菌綱 自細(xì)胞兩端各自伸出長(zhǎng)的粘絲并接連形成粘質(zhì)的網(wǎng)絡(luò)——假原質(zhì)團(tuán)。
Ⅱ 集胞粘菌綱 分泌集胞粘菌素，形成假原質(zhì)團(tuán)。
Ⅲ 粘菌綱 形成原質(zhì)團(tuán)，腐生性自由生活。
Ⅳ 根腫病菌綱 形成原質(zhì)團(tuán)，專性寄生。亦有將之歸于**類。