基因芯片廣泛用于模式物種的DNA、RNA和表觀遺傳等研究。豐核信息提供SNP芯片、RNA芯片、甲基化芯片分析服務(wù)，涵蓋人類和主要模式物種。豐核信息擁有自主知識產(chǎn)權(quán)的標(biāo)準(zhǔn)芯片分析系統(tǒng)，可以快速分析包括Illumina、Agilent、Affy等公司出品的常規(guī)基因芯片。
常見芯片列表
項目分類 名稱 描述 Illumina SNP芯片 Human omni-zhonghua-8 beachip 包含90萬個位點 Agilent表達譜芯片 Agilent SurePrint G3 Human Gene Expression 8×60K V2 涵蓋50,599條轉(zhuǎn)錄本信息 Agilent SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8×60K 涵蓋55,681條轉(zhuǎn)錄本信息 Agilent SurePrint G3 Rat Gene Expression 8×60K 涵蓋30,003條Entrez Gene RNAs Agilent miRNA芯片 Agilent Human miRNA Array V19.0 覆蓋2006個人類相關(guān)miRNA Agilent Rat miRNA Arrary V19.0 覆蓋719個大鼠相關(guān)miRNA Agilent Mouse miRNA Array V19.0 覆蓋1247個小鼠相關(guān)miRNA Agilent 定制miRNA Array V19.0 可以定制數(shù)據(jù)庫包含的各個物種的相關(guān)miRNA Illumina人DNA甲基化芯片服務(wù) IlluminaInfinium Human Methylation450 BeadChip 包含了450,000多個甲基化位
數(shù)據(jù)分析（以miRNA芯片分析為例）
標(biāo)準(zhǔn)分析
芯片預(yù)處理與標(biāo)準(zhǔn)化；
篩選差異表達microRNA；
microRNA聚類圖、火山圖以及熱圖等；
microRNA靶基因預(yù)測，基于多數(shù)據(jù)庫整合的靶基因預(yù)測以及上海豐核自主知識產(chǎn)權(quán)的預(yù)測軟件同時識別；
對預(yù)測的microRNA的靶基因進行GO富集分析通路富集分析等。
個性化分析
1.microRNA網(wǎng)絡(luò)分析：microRNA靶基因失調(diào)網(wǎng)絡(luò)；microNRA功能協(xié)同作用網(wǎng)絡(luò)。
2.microRNA與其他芯片整合分析：與lncRNAs芯片結(jié)果聯(lián)合分析（ceRNA Analysis）；與mRNA芯片整合分析；與DNA甲基化芯片結(jié)果聯(lián)合分析。
3.與臨床數(shù)據(jù)整合分析