轉(zhuǎn)錄組測序和表達譜測序的區(qū)別

1. 英文名稱：RNA-seq（Transcriptome）

2. 產(chǎn)品的定義：

通過RNA測序，既想得到樣本中序列的信息，又需要對序列的表達進行定量和分析。

那么，對于沒有參考基因組的物種，RNA-seq(Transcriptome) 當(dāng)然就是需要：

a.進行de novo拼接，對拼接得到的Unigene進行注釋；

b.然后計算de novo得到的Unigene的表達量。所以，這個分析就包含了核酸序列分析和核酸表達定量分析。

對于已有參考基因組的物種，RNA-seq(Transcriptome) ：

a.會對測序結(jié)果進行基于參考基因組的比對和拼接，從而分析樣本中轉(zhuǎn)錄本的可變剪切、基因融合、SNP變異等此類針對轉(zhuǎn)錄本序列的分析；

b.在序列分析的基礎(chǔ)上，在分析轉(zhuǎn)錄本的表達量。所以，這個分析也包含了核酸序列的分析和核酸表達量的分析。

3. 對測序的要求：因為涉及到序列的拼接和組裝，所以轉(zhuǎn)錄組測序?qū)?shù)據(jù)量的要求較高（一般單個樣本的測序量> 4G），同時一般要求使用雙末端測序（Paired end）的數(shù)據(jù)。

表達譜測序

1. 英文名稱：RNA-seq（qualification）

2. 產(chǎn)品的定義：

Qualification，顧名思義，這個產(chǎn)品的定義就是只對樣本中mRNA進行定量分析，而不需要分析mRNA序列的變化。通常此類分析，需要參考序列。參考序列可以是：基因組序列（有參考基因組的物種）或轉(zhuǎn)錄組序列（無參考基因組物種，轉(zhuǎn)錄組de novo拼接的結(jié)果）。

對此類產(chǎn)品的分析要求僅僅是：將測序得到的數(shù)據(jù)比對到參考序列上，然后計算參考序列的在樣本中的對應(yīng)表達，而不需要去分析參考序列在樣本中是否發(fā)生了序列變化（可變剪切、基因融合、SNP等）。

3. 對測序的要求：

因為僅僅是定量分析，所以表達譜對測序的要求較低。一般單個樣本的測序量2~3G足夠，同時單末端測序（single End）和雙末端測序（paired End）的數(shù)據(jù)均可以分析。

新時期的變化

由于測序技術(shù)不斷發(fā)展，測序成本不斷下降。目前，當(dāng)個樣本的測序量一般都已經(jīng)超過4G，而且大部分項目都使用雙末端測序的策略。所以，這些數(shù)據(jù)都已經(jīng)足夠支持進行轉(zhuǎn)錄組分析的要求。所以，現(xiàn)在沒有必要進行轉(zhuǎn)錄組和表達譜的區(qū)分，可以統(tǒng)稱為RNA-seq。對用戶來說，所需要關(guān)心的是：公司的RNA-seq分析可以提供哪些后續(xù)的分析？是否可以滿足你的科研的需求。

so，能夠真正解決測序后的數(shù)據(jù)后續(xù)分析問題才是王道。不巧，基爾頓生物科技（上海）有限公司正是如此。