蛋白質(zhì)鑒定搜索引擎

    與基因相比，不同的蛋白質(zhì)與生物的特性有著更為直接的關(guān)系，例如蝴蝶的幼蟲和成蟲的基因是相同的，但形態(tài)卻不同。蛋白質(zhì)在生物體的形態(tài)和生理功能形成中有決定性的作用，其研究具有重要意義。

我們的任務(wù)是識(shí)別不同蛋白質(zhì)的身份。在生物質(zhì)譜技術(shù)引入前，生物學(xué)家使用傳統(tǒng)的蛋白質(zhì)分析方法，一次實(shí)驗(yàn)只能分析一個(gè)或數(shù)個(gè)蛋白質(zhì)。而現(xiàn)在通過(guò)使用生物質(zhì)譜技術(shù)將蛋白質(zhì)的信息數(shù)字化以后，一次蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)就能接近或超過(guò)一萬(wàn)種蛋白質(zhì)，未來(lái)的努力目標(biāo)是覆蓋生物體內(nèi)所有的蛋白質(zhì)。生物質(zhì)譜技術(shù)將蛋白質(zhì)的含量信息數(shù)字化，產(chǎn)生質(zhì)譜數(shù)據(jù)，我們則借助計(jì)算技術(shù)來(lái)對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行解析，從而還原蛋白質(zhì)在生物體內(nèi)的類別和含量信息，為尋找差異表達(dá)蛋白質(zhì)和揭示蛋白質(zhì)功能提供基礎(chǔ)。

類似于Google搜索引擎，pFind蛋白質(zhì)搜索引擎，對(duì)輸入的質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行檢索，得到相應(yīng)的蛋白質(zhì)序列。為了快速準(zhǔn)確地鑒定蛋白質(zhì)，我們?cè)谧V圖預(yù)處理、數(shù)據(jù)庫(kù)索引技術(shù)、搜索與匹配打分、蛋白質(zhì)定量等多個(gè)方面都進(jìn)行了深入的算法研究。pFind研究組自主開(kāi)發(fā)和研制了全套蛋白質(zhì)鑒定搜索系統(tǒng)pFind Studio，歷經(jīng)十年，數(shù)次迭代，在國(guó)內(nèi)領(lǐng)域享有巨大的聲譽(yù)，軟件用戶遍布全球。

十年來(lái)我們專注于蛋白質(zhì)搜索引擎的計(jì)算問(wèn)題，為了使我們的計(jì)算更加專業(yè)，我們還和國(guó)內(nèi)多家生物研究組有合作關(guān)系。蛋白質(zhì)組學(xué)的終目標(biāo)是造福人類，其中直接的應(yīng)用就是尋找和確認(rèn)差異表達(dá)蛋白質(zhì)。例如，與癌癥相關(guān)的核心巖藻糖蛋白質(zhì)，在癌癥患者體內(nèi)的含量要遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于正常人，這樣差異表達(dá)的核心巖藻糖蛋白質(zhì)可以作為肝癌早期診斷標(biāo)志物。