SILAC(定量蛋白質(zhì)組學(xué))
作為蛋白質(zhì)組學(xué)研究中一種強有力的工具,質(zhì)譜在過去很長一段時間內(nèi)只是用于定性研究,鑒定蛋白質(zhì)和**后修飾。于是,科學(xué)家們不斷開發(fā)出定量蛋白質(zhì)組學(xué)方法,來了解細胞、組織或生物體的整體蛋白質(zhì)動力學(xué)。
早期的蛋白質(zhì)研究致力于鑒定并了解單個蛋白或蛋白復(fù)合物的功能,這些年,儀器和技術(shù)的進步大大促進了蛋白質(zhì)組學(xué)研究。這種蛋白質(zhì)組學(xué)的研究,與當今熱門的基因組、轉(zhuǎn)錄組和代謝組等領(lǐng)域的研究一起,讓我們更好地了解了整體的生物過程,以及它們?nèi)绾螒?yīng)對不同刺激,或在**狀態(tài)下如何改變。若想了解一個人患病之后,基因表達水平發(fā)生了怎樣的改變,DNA芯片是一個常見的選擇。然而DNA芯片也許并沒有說出全部,因為基因表達的差異并不直接對應(yīng)著蛋白表達的差異。為了更準確地比較兩個樣本的蛋白水平,科學(xué)家們通常使用雙向電泳外加質(zhì)譜,然而流程復(fù)雜,通量低,重復(fù)性也欠佳。為什么不能定量?因為各次運行之間,水解后的肽段在理化性質(zhì)上表現(xiàn)出很大差異,從而導(dǎo)致質(zhì)譜響應(yīng)的變化。此外,質(zhì)譜只能對樣品中的一部分肽段進行分析。
定量蛋白質(zhì)組學(xué)又分為相對定量和定量。相對定量方法(如SILAC、ICAT、ICPL等)是用來比較樣品之間的蛋白或肽段豐度;而在未標記的樣品中加標有已知濃度的同位素標記的合成肽段,就實現(xiàn)了目標肽段的定量。顯然,定量比相對定量更為理想,因為不同樣品的肽段值也可用于比較相對蛋白變化。然而,相對定量卻更為常用,因為每個目的蛋白的定量都需要昂貴的試劑,也需要花費大量的時間來開發(fā)分析。在相對定量方法中,SILAC又是比較常用的一種。
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