LCMSMS定量分析使用SIM 或MRM模式。公認(rèn)的MRM更為準(zhǔn)確。SIM使用Q選擇性的濾過選中的分子量。但是分子量相同的化合物很多，所以，如果樣品稍微復(fù)雜的話，SIM基本不合適。

MRM選擇母離子和子離子。使用Q過濾母離子，q 轟擊母離子，TOF過濾子離子，使子離子被檢測器檢測到。分子量相同，轟擊后產(chǎn)生的子離子不一樣的干擾離子就被排除了。所以，MRM模式是更為可靠的LCMS定量分析方法。MRM檢測是離子對。

內(nèi)標(biāo)的選擇原理是結(jié)構(gòu)基本和待測化合物類似。結(jié)構(gòu)相同或類似，主要是為了滿足被離子化的效率與樣品類似。這就是為什么很多都選擇使用該化合物或此類化合物的氘代化合物。內(nèi)標(biāo)的選擇還要求其分子量與待測物質(zhì)不重合（還需要盡量避開化合物的isotopic peak的m/z），并且可以和待測物質(zhì)分開。

如果使用MRM, 樣品被分開的話，那么理論上來說總離子流圖上的每個峰都是代表一種物質(zhì)。同時使用MRM模式，如果樣品們的分子量與子離子不重疊，那么，即使在柱子中不被分開的化合物，也是可以認(rèn)為在MS中被分開了。

文獻報道的液質(zhì)中幾個峰，MRM檢測到幾十個物質(zhì)就是多個物質(zhì)在同一時間從色譜柱跑出來了。雖然出峰時間一樣，但是每個化合物的peak應(yīng)該是軟件中可以顯示出來的，只不過報道中由于篇幅有限，會被簡略掉。

定性的話，需要標(biāo)品，retention time 需要一致。

定量的話，需要先作標(biāo)準(zhǔn)曲線。peak area ration vs concentration.