凝膠成像的選擇及其應用范圍上海領成生物科技有限公司是一家技術力量雄厚的現(xiàn)代型企業(yè)。公司主要從事領成Tocan品牌的生命科學儀器研發(fā)生產(chǎn)及銷售。現(xiàn)主要產(chǎn)品有全自動凝膠成像,PCR 基因擴增儀,雪花制冰機,恒溫振蕩器,紫外分析儀等分子學生物儀器。
凝膠成像應用范圍
總體上來說凝膠成像可應用于:凝膠成像系統(tǒng)可以用于:蛋白質、核酸、多肽、氨基酸、多聚氨基酸等其他生物分子的分離純化結果作定性分析 (1)分子量定量 對于一般常用的DNA膠片,利用分子量定量功能,通過對膠上DNA Marker條帶的已知分子量注釋,自動生成擬合曲線,并以它衡量得到未知條帶的分子量。通過這種方法所得到的結果較肉眼觀察估計要準確很多?! 。?/font>2)密度定量 一般常用的測定DNA(脫氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)濃度的方法是紫外吸收法,但它只能測定樣品中的總核苷酸濃度,而不能區(qū)分各個長度片段的濃度。利用凝膠成像系統(tǒng)和軟件,先將DNA膠片上某一已知其DNA含量的標準條帶進行密度標定以后,可以方便的單擊其他未知條帶,根據(jù)與已知條帶的密度做比較,可以得到未知DNA的含量。此方法也適用于對PA GE蛋白膠條帶的濃度測定。 ?。?/font>3)密度掃描 在分子生物學和生物工程研究中,*常用到的是對蛋白表達產(chǎn)物占整個菌體蛋白的百分含量的計算。傳統(tǒng)的方法是利用專用的密度掃描,但利用生物分析軟件結合現(xiàn)在實驗室常規(guī)配備的掃描儀或者直接用白光照射的凝膠成像就能完成此項工作?! 。?/font>4)PCR定量 PCR定量主要是指,如果PCR實驗擴增出來的條帶不是一條,那么可以利用軟件計算出各個條帶占總體條帶的相對百分數(shù)。就此功能而言,與密度掃描類似,但實際在原理上并不相同。PCR定量是對選定的幾條帶進行相對密度定量并計算其占總和的百分數(shù),密度掃描時并對選擇區(qū)域生成縱向掃描曲線圖并積分。
在選擇凝膠成像系統(tǒng)時,我們關注的問題通常有以下一些方面:
1、像素越高不是成像更清晰,產(chǎn)品就越好。像素是要針對成像設備來看的,其實CCD本身的質量比單純的像素高低更重要。對于同級別CCD來說,*重要的指標是CCD的尺寸大小,尺寸越大其本身價值就成幾何倍地增長。
2. CCD和CMOS在制造上的主要區(qū)別是CCD是集成在半導體單晶材料上,而CMOS是集成在被稱做金屬氧化物的半導體材料上。從原理上,CMOS的信號是以點為單位的電荷信號,而CCD是以行為單位的電流信號,前者更為敏感,速度也更快,更為省電。但CCD制造工藝較復雜,采用CCD的攝像頭價格都會相對比較貴。事實上經(jīng)過技術改造,目前CCD和CMOS的實際效果的差距已經(jīng)減小了不少。而且CMOS的制造成本和功耗都要低于CCD不少,所以很多攝像頭生產(chǎn)廠商采用的CMOS感光元件。在成像方面,相同像素下CCD的成像通透性、明銳度都很好,色彩還原、曝光可以保證基本準確。而CMOS的產(chǎn)品往往通透性一般,對實物的色彩還原能力偏弱,曝光也都不太好,由于自身物理特性的原因,CMOS的成像質量和CCD還是有一定距離的。但由于CMOS低廉的價格以及高度的整合性,因此在攝像頭領域還是得到了廣泛的應用。現(xiàn)在**的CMOS并不比一般CCD差,但是CMOS工藝還不是十分成熟,普通的 CMOS 一般分辨率低而成像較差。目前的情況是,許多低檔入門型的數(shù)碼相機使用廉價的低檔CMOS芯片,成像質量比較差。普及型、**型及專業(yè)型數(shù)碼相機使用不同檔次的CCD,個別專業(yè)型或準專業(yè)型數(shù)碼相機使用**的CMOS芯片。代表成像技術未來發(fā)展的X3芯片實際也是一種CMOS芯片。 CCD與CMOS孰優(yōu)孰劣不能一概而論,但一般而言,普及型的數(shù)碼相機中使用CCD芯片的成像質量要好一些。
3、如何看待CCD的一些主要技術參數(shù)? CCD的主要技術參數(shù)有CCD尺寸,有效像素,信噪比,采集位數(shù)等。其中CCD尺寸與信噪比都是影響成像的關鍵因素,尺寸越大能接受的信號就越多。而熱噪音越低,信噪比就越高,成像質量也就越好。采集位數(shù)指色彩灰度的表達范圍。如采集位數(shù)為8則表示有2的8次方數(shù)量的灰度來還原色彩。
4.什么是分辨率,它與像素值有什么關系?分辨率的大小和像素值是分不開的,像素值是指CCD能分辨到的*小的感光元件,我們平時說的多少萬像素就是這些感光元件的個數(shù)了。所以一般來講像素越多,成像也就越清晰細膩,當然這其中還要受許多因素限制。但是高像素也不一定是好的CCD,其原因就是像素大小(Pixel Size),也是很重要的因素,相同數(shù)目的像素,排列越密集,像素之間就越容易出現(xiàn)電流干擾,容易出現(xiàn)"噪點"等干擾成像質量的現(xiàn)象出現(xiàn)。由于制造工藝的限制,增加尺寸,成本將會以幾何級數(shù)提高。現(xiàn)在大部分廠家的CCD為了提高圖像的靈敏度,會使用像素合并的技術,像素合并是一種非常有用的功能,它可被用來提高像素的大小和靈敏度。
5.什么是動態(tài)范圍值,它如何反映CCD的性能?動態(tài)范圍決定著你能否同時在一張膠上同時看到強的信號和弱的信號,而且他們之間能保持比較好的定量關系。一般動態(tài)范圍采用數(shù)量級來表示,這個數(shù)越大,表明動態(tài)范圍越寬。 灰階表示一種表征光亮度的方法,12bit表示從*暗到*亮等分為212=4096個級別,16bit即分為216個級別,可見bit值越高能分出的細微差別越大。目前來說,市場上主流的凝膠成像的CCD以12bit為主,16bit的儀器一般情況下,分辨率均在200萬像素左右,對于真正的16bit,而像素值又近400萬的CCD是非常少見的。 簡單的說,動態(tài)范圍表示在一個圖像中*亮與*暗的比值。動態(tài)范圍的值越高CCD性能越好.
6. 為什么需要制冷CCD,它適用于哪些情況?在曝光超過5-10秒時,CCD芯片就會發(fā)熱,沒有致冷設備的芯片,“熱”或者白的像素點就會遮蓋圖像,圖像到處可見雪花。在相同滿井電子的CCD情況下,降低CCD噪音,就能提高CCD的監(jiān)測能力,熱或者暗電流對于CCD都是噪音,噪音在制冷 CCD中基本都可以被深度致冷的Peltier消除。 CCD結構設計、數(shù)字化的方法等都會影響噪音的產(chǎn)生。當然通過改善結構、優(yōu)化方法,同樣能減少噪音的產(chǎn)生。制冷CCD的適用性:熒光及化學發(fā)光本身較弱,所以對CCD噪音的降低要求很高,應選用高分辨率數(shù)字冷卻CCD相機結合高通透鏡頭系統(tǒng),使其能夠捕獲到信號極其微弱的熒光及化學發(fā)光樣品圖像,并且能夠*大程度的降低噪音,減少背景,提供出色的圖像清晰度。另外可選激發(fā)光源及多位濾鏡輪擴大了熒光/化學發(fā)光成像的應用范圍。所以一般在熒光及化學發(fā)光觀察時需要選擇制冷CCD。所以制冷CCD相機**是**分子影像成像分析系統(tǒng)的未來的發(fā)展趨勢和必須要求。
7.什么是信噪比和暗電流,它與CCD有什么關系?提到制冷CCD ,我們就必須提到另外一個參數(shù)就是信噪比, 圖象的信噪比應該等于信號與噪聲的功率譜之比;說到信噪比就不得不提到暗電流了,因為暗電流是導致CCD噪音的很重要的因素。暗電流指在沒有曝光的情況下,在一定的時間內(nèi),CCD傳感器中像素產(chǎn)生的電荷。我們在做化學發(fā)光檢測的時候,需要的曝光的時候比較長,這樣導致CCD產(chǎn)生較多的暗電流,對圖像的質量影響非常大。通常情況下,通過降低CCD的溫度來*大限度的減少暗電流對成像的影響。CCD產(chǎn)生的暗電流隨著溫度下降而減少,但是在-23℃下曲線開始趨于平緩,由此可以看出溫度并非需要無休止的降低的。所以在選擇冷CCD時,溫度在-25℃(**溫度,非室溫以下)下一般就可以達到您的要求了。有的CCD是在圖像*終生成后,通過軟件去背景來扣除暗電流,對于信號遠遠強于背景的有一定效果,但是對于弱信號處理過程中會產(chǎn)生越來越多的錯誤。
8.什么是量子效率? CCD的量子效率也稱像素靈敏度,指在一定的曝光量下,像素勢阱中所積累的電荷數(shù)與入射到像素表面上的光子數(shù)之比。不同結構的CCD其量子效率差異很大。值得注意的是CCD 的量子效率與入射光的波長有關。動態(tài)范圍的值越高CCD性能越好.
9.如何選擇光學鏡頭?光學鏡頭是機器視覺系統(tǒng)中必不可少的部件,直接影響成像質量的優(yōu)劣,影響算法的實現(xiàn)和效果。光學鏡頭規(guī)格繁多,有時不免頭暈。光學鏡頭從焦距上可分為短焦鏡頭、中焦鏡頭,長焦鏡頭;從視場大小分有廣角、標準,遠攝鏡頭;結構上分有固定光圈定焦鏡頭,手動光圈定焦鏡頭,自動光圈定焦鏡頭,手動變焦鏡頭、自動變焦鏡頭,自動光圈電動變焦鏡頭,電動三可變(光圈、焦距、聚焦均可變)鏡頭等。
10.常用的數(shù)據(jù)傳輸?shù)姆绞绞鞘裁?/font>? IEEE1394總線是一種目前為止*快的高速串行總線,火線(IEEE1394)支持的傳輸速率有100Mbps,200Mbps,400Mbps,*高的傳輸速度為400Mbps/s。對于各種需要大量帶寬的設備提供了專門的優(yōu)化,接口可以同時連接63個不同設備,IEEE1394同USB一樣,支持帶電插撥設備。IEEE1394同樣支持即插即用,現(xiàn)在的WIN98 SE、WIN2000、WIN ME、WIN XP都對IEEE1394支持的很好,在這些操作系統(tǒng)中用戶不用再安裝驅動程序,也能使用IEEE1394設備。
11.軟件功能包括哪幾個方面?選擇好成像系統(tǒng)后,配套的軟件選擇也很重要。硬件設備再好,如果不配上好的軟件,也無法發(fā)揮它應有的功能。作為凝膠成像系統(tǒng)軟件功能和用途都基本相似,這里我們介紹一下*關注的幾個特點: A、軟件的基本功能:可對不同樣品,如條帶,斑點,**克隆,芯片,細胞或者活體動物等,進行定性、定量分析,加批注,輸出圖像等操作。 B、圖像采集方式:對于化學發(fā)光或多色熒光產(chǎn)品,軟件應具備電影模式,可以進行圖像多禎累計功能來增強線性動態(tài)范圍和數(shù)據(jù)準確度。 C、操作簡便,軟件應具備操作輔助工具,使軟件操作更簡單易用。*好采用三步式泳道及條帶分析,可以快速計算蛋白質和核酸的分子量及含量。 D、數(shù)據(jù)庫功能也是必不可少的,這樣可以檢索、分類或比較所有生成的圖像??衫貌煌娘@示算法程序圖像化顯示條帶差異。 E、曝光方式:應采用單一曝光、多重曝光,累計曝光,延時(定時)曝光多種模式可選。 F、記憶功能:軟件能記憶并自動調(diào)用成像數(shù)據(jù),這樣你不用每次設置就能獲得重復性好的結果。 G、軟件應配備兩套以上,使用單機版,多用戶版或網(wǎng)絡版,用戶可彼此獨立操作,互不干擾,互不混淆。
12、為何要采用自動變焦鏡頭,有何意義?自動變焦鏡頭無需手動調(diào)節(jié),可操作性強,同時也減少了EB潛在的污染機會。再者使得將CCD內(nèi)置成為了可能,從而達到防灰防塵防震的目的,更好地保護了核心部件延長產(chǎn)品的使用壽命。
13、紫外對人體有傷害,是否具有防護措施?紫外對人體,特別是眼睛有一定傷害,TOCAN凝膠成像系統(tǒng)具備紫外防護設施,在紫外燈開啟的狀態(tài)下,如不慎打開暗箱,紫外燈會自動熄滅防止對人體的傷害。
14、能否在凝膠成像上直接切膠? TOCAN凝膠成像可以,如需直接切膠,首先按系統(tǒng)中間的觀察窗,打開裝有進口防紫外玻璃的觀察窗口,然后打開左右兩側專為割膠所設計的小門,即可進行切膠操作。
15、如何調(diào)節(jié)焦距,聚焦,光圈以獲得高質量的圖片?三個*重要的可調(diào)參數(shù)分別是焦距,聚焦和光圈。其中焦距調(diào)節(jié)清晰度,聚焦調(diào)節(jié)圖像大小,光圈調(diào)節(jié)明暗。一般先把光圈調(diào)節(jié)到適宜的亮度后,再調(diào)節(jié)聚焦將圖像放到*大,*后調(diào)解焦距,在圖像較大的情況下焦距比較容易調(diào)節(jié)到*清晰狀態(tài),然后再把圖像縮放在適宜大小后成像即可。
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